Übereinstimmenden Medienberichten zufolge werden für den 65-Jährigen, der erneut Assistent von Jupp Heynckes (72) wird, 1,75 Millionen Euro fällig. Im Erfolgsfall kann sich der Betrag auf zwei Millionen Euro erhöhen.
"Die Verhandlungen mit dem FC Bayern München waren fair und konstruktiv. Wir haben ein Ergebnis erzielt, mit dem alle Seiten zufrieden sein können", sagte der Düsseldorfer Vorstandsvorsitzende Robert Schäfer.
Trainer Friedhelm Funkel bedauerte Hermanns Abschied, räumte aber ein: "Ich kann seinen Wunsch verstehen."
Bereits beim Triple-Gewinn mit den Münchnern 2013 hatten Hermann und Heynckes zusammengearbeitet, ebenso zuvor bei Bayer Leverkusen (2009-2011). Zur Fortuna wechselte Hermann im Mai 2015.