Der 39-Jährige, der seinen Vertrag beim Drittliga-Tabellenführer unlängst bis 2018 verlängert hatte, wird damit in Düsseldorf Nachfolger des bereits Ende Oktober zurückgetretenen Dirk Kall.
Vor seinem Engagement in Sachsen war Schäfer von 2010 bis 2013 Geschäftsführer von 1860 München.
"Ich freue mich auf die Herausforderung, Fortuna Düsseldorf gemeinsam mit den Gremien, Fans und Mitgliedern voranzubringen", sagte Schäfer.
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