Der 31-Jährige verwies bei seinem fünften Saisonsieg seinen Landsmann Alejandro Valverde auf Platz zwei.
Auf Rang drei kam der Pole Michal Kwiatkowski, Teamkollege von Tony Martin bei Quick Step. Der dreimalige Zeitfahr-Weltmeister aus Cottbus hatte selbst mit dem Ausgang des Rennens nichts zu tun.
Der zweite Abschnitt führt am Dienstag von Ordizia nach Dantxarinea über 155,8 Kilometer. Die Rundfahrt endet am Samstag mit einem anspruchsvollen Einzelzeitfahren in Markina-Xemein.